Am 13. Oktober 2000 schlägt ein Meteorit in der Antarktis ein. Die Polkappen schmelzen und es folgen Elend, Unruhen, Bürgerkriege und die Halbierung der Weltbevölkerung.

15 Jahre später wird der 14-jährige Shinji Ikari von seinem Vater Gendou, den er lange nicht gesehen hat, zu sich gerufen. Glücklich darüber Anerkennung zu finden und in Selbstzweifel, ob er die an ihn gestellten Erwartungen erfüllen könne, stellt er bei seiner Ankunft fest, dass Tokyo3 bedroht wird. Den Mut verliert er, als er erfährt, dass ausgerechnet er in einen von seinem Vater bereitgestellten Mecha, genannt EVA, steigen und gegen den feindlich gesinnten "Engel", welcher die Stadt bedroht, kämpfen soll.

Movie 1:
Death - ist eine Zusammenfassung der ersten 24 Episoden des Anime Shin Seiki Evangelion. Ein bloßes Zusammenschneiden der wichtigsten Szenen? Nicht ganz, denn in Death werden die Ereignisse antichronologisch präsentiert und durch klassische Musik untermalt. Diese Vorgehensweise verwandelt bekannte Szenen in einen neuen Genuss und ermöglicht eine andere Sicht auf das Gesamtbild.

Movie 2:
Ein alternatives Ende der TV-Serie, das die Episoden 25 und 26 durch einen Film ersetzt, welcher nun eine Reihe von Antworten auf Fragen gibt, welche in der Serie offen gelassen wurden: Was wird nun geschehen, da der letzte Engel besiegt wurde und NERV seinen Zweck verloren hat, aber nach wie vor die Kontrolle über zwei EVAs besitzt, mit denen man die Welt zerstören könnte? Wird SEELE es dulden, dass Ikari Gendou sein eigenes Szenario im Third Impact umzusetzen versucht? Und worum ging es eigentlich in der ganzen Geschichte?